رود شور از شمال غرب بیابان لوت مرکزی و از کنار تپه بازالتی گندم بریان با بستری پر پیچ و خم به سازند کلوت‌های لوت مرکزی میرسد و در آنجا در گود لوت گم می‌شود.
حوضه آبگیر آن بسیار وسیع است و از کوه مومن آباد در شمال بیرجند تا دامنه شرقی ارتفاعات کرمان گسترش دارد. این رود تنها رودخانه دایمی بیابان لوت است که به چاله مرکزی دشت لوت میرسد و به علت گذر شعبات سرشاخه خود که از طبقات نمک‌دار و زمین‌های شور گذر می‌کند، تلخ و شور و غیر قابل استفاده است. در این‌جا سرشاخه‌های آن را مورد بررسی قرار می‌دهیم.
دره بیرجند محل تمرکز مسیل‌ها و رودهای دامنه جنوبی کوه مومن آباد و دامنه‌های شمالی کوه باقران است. مسیل‌ها و آب‌برهای گدار بیجان و گدار چشمه در مشرق این ارتفاعات و ابتدای دره بیرجند و نام رود بیرجند بهم می‌رسند. در فصل‌های پاییز و زمستان رودخانه بیرجند پر آب و در تابستان خشک است. رودخانه بیرجند پس از گذر از شهرستان بیرجند به سمت شهرستان خوسف می‌رود که از ارتفاعات شمالی و جنوبی آن باز هم رودهایی به آن می‌پیوندد و در انتها با پیوستن رودخانه گز به نام رود شور نامیده می‌شود.
از ارتفاعات شمالی این رود، مهم‌ترین مسیل‌ها از کوه شاه ناصر، کوه طاق آشیان، کوه آتشان و کوه نای بندان بوده و مسیل آن پس از پیوستن به رودخانه چاه سیخ به سمت جنوب و جنوب غربی منحرف می‌شود. مهم‌ترین شعبات غربی رود شور از شمال به سمت جنوب رود هنار، رود نای بندان، مسیل چهل پایه، رودخانه راور و شیرین رود است.
