یکی از عوارض زمین شناختی بیابان لوت رود شور است که با گذشت مسافتی بسیار طولانی از شمال به جنوب بالاخره در شمال غرب بیابان لوت مرکزی و از کنار تپه بازالتی گندم بریان با بستری پر پیچ و خم، به سازند کلوتهای لوت مرکزی میرسد و سپس در آنجا در گود لوت گم میشود.
حوضه آبگیر این رود بسیار وسیع است و از کوه مومن آباد در شمال بیرجند تا دامنه شرقی ارتفاعات کرمان گسترش دارد. این رود تنها رودخانه دایمی بیابان لوت است که در مسیری طولانی، در نهایت به چاله مرکزی دشت لوت میرسد و در آنجا در زمین فرو رفته و ناپدید میشود. این رودخانه که در ابتدا آبی شیرین دارد، به علت منشعب شدن از شعبات سرشاخه خود که از طبقات نمکدار و زمینهای شور گذر میکند، تلخ و شور و غیر قابل استفاده میشود. در اینجا سرشاخههای اصلی آن را مورد بررسی قرار میدهیم.
دره بیرجند محل تمرکز مسیلها و رودهای دامنه جنوبی کوه مومن آباد و دامنههای شمالی کوه باقران است. مسیلها و آببرهای گدار بیجان و گدار چشمه در مشرق این ارتفاعات و ابتدای دره بیرجند و با نام رود بیرجند بهم میرسند. (رودخانه بیرجند در فصلهای پاییز و زمستان پر آب و در تابستان خشک است) رودخانه بیرجند پس از گذر از شهرستان بیرجند به سمت شهرستان خوسف میرود که از ارتفاعات شمالی و جنوبی این شهرستان نیز رودهایی به آن میپیوندد و در انتها با پیوستن رودخانه گز، به نام رود شور نامیده میشود.
از ارتفاعات شمالی این رود، مهمترین مسیلها از کوه شاه ناصر، کوه طاق آشیان، کوه آتشان و کوه نایبندان بوده و مسیل آن پس از پیوستن به رودخانه چاه سیخ به سمت جنوب و جنوب غربی منحرف میشود. مهمترین شعبات غربی رود شور از شمال به سمت جنوب رود هنار، رود نایبندان، مسیل چهل پایه، رودخانه راور و شیرین رود است.